В структуру филиала входит достаточно много подразделений, каждое из которых вносит значительный вклад в общее дело: отдел семеноводства, отдел защиты растений, две лаборатории биологического метода, две токсикологические лаборатории, испытательная лаборатория по семеноводству, а также 26 районных отделов.
Определением пригодности семян к посеву в соответствии с требованием национальных и международных стандартов занимается испытательная лаборатория филиала ФГБУ «Россельхозцентр» по Ставропольскому краю. Проверено 37,2 тыс. проб семенного материала с целью определения сортовых качеств семян, проведена апробация и регистрация сортовых посевов на площади 380,02 тыс. га. Наращиваются объемы услуг сертификации семенного и посадочного материала. Сертификация продукции осуществляется в Системе добровольной сертификации Россельхозцентра. В 2022 году фитосанитарный мониторинг на выявление вредных объектов проведен на площади 16 664 тыс. га. Благодаря своевременному выявлению опасных вредных объектов и оперативному распространению сигнала аграриям для проведения защитных мероприятий вовремя были проведены обработки, которые позволили уберечь от убытков и потери урожая. Это позволило в 2022 году на Ставрополье собрать 8,5 млн тонн зерна со средней урожайностью 38 ц/га. Сегодня по валовому сбору зерна в России Ставрополье занимает 3-е место.
Залог успеха борьбы с вредными объектами — диагностика. 100% высеваемых в крае семян зерновых культур проходят предпосевное обеззараживание. Что касается биологических методов защиты, большинство защитных мероприятий проводится с помощью химических препаратов. Но помочь растению выстоять и дать достойный урожай могут и биологические пестициды и энтомофаги, которые по эффективности не только не уступают химическим, но порой и превосходят их за счет того, что позволяют начать борьбу с вредными объектами одновременно с началом заражения, то есть с началом вегетации. Филиал РСЦ по Ставропольскому краю является крупнейшим производителем биопрепаратов в России. Биометод применяют в 26 районах края более 100 сельхозпредприятий. Аграрии края применяют биопрепараты, большая часть которых произведена Шпаковской испытательной лабораторией ставропольского филиала РСЦ. Кроме того, лаборатория на протяжении 39 лет занимается производством энтомофагов, среди которых основные виды — трихограмма и габробракон. Выращивают энтомофагов в лабораториях, создавая условия, приближенные к естественным. На размножении новый энтомофаг — златоглазка обыкновенная, которая позволит эффективно бороться с различными видами тли, трипса и др., что особенно актуально для тепличных комбинатов. Ставропольская токсикологическая лаборатория аккредитована в Национальной системе аккредитации. Ее работа — анализ продукции растениеводства по показателям безопасности в соответствии с требованиями технических регламентов Таможенного союза и по показателям качества в соответствии с требованиями ГОСТов, анализ остаточного количества пестицидов в продукции и растительном материале, анализ качества пестицидных препаратов, анализ полноты и качества протравливания семян, анализ качества органических, гуминовых и минеральных удобрений, а также определение фитопатогенов картофеля (ДНК и РНК).
