Организация была создана в 1949 году как Управление по Московской области, затем произошло укрупнение с присоединением Тверского мелиоводхоза. Сегодня ареал деятельности — Московская и Тверская области. Помимо головного предприятия, «Спецмелиоводхоз» обслуживает Тверской, Дмитровский и Раменский филиалы. Сегодня в ведении ФГБУ «Управление «Спецмелиоводхоз» находится 395 тыс. га мелиорированных сельхозугодий, из них 135,7 тыс. га орошаемых. Сельхозугодья Подмосковья и Тверской области не требуют повышенного орошения и увлажнения, поэтому основной упор делается на осушение почв и отведение воды.

Очередной этап в работе — осушение 10-й очереди Яхромской поймы, благодаря чему будет введено дополнительно 600 га земель для нужд сельского хозяйства. Основные работы по мелиорации и реконструкция каналов проходят в осенне-зимний период, когда почва промерзла, а аграрии не ведут активной деятельности. Зимой целесообразнее проводить работы по разработке глубоких открытых каналов, предварительному осушению траншеями, строительству дренажных коллекторов и др. Важное направление деятельности — производство востребованного и уникального для мелиоративного хозяйства оборудования. «Спецмелиоводхоз» имеет цех по производству навесного оборудования, где изготавливаются косилки, мульчеры, винтовые подъемники и гидрозатворы для ГТС. Все это пользуется спросом и поставляется ведущим мелиоводхозам страны. Не менее важным прорывом здесь считают выпуск оборудования для сельхозпроизводителей, которое не производится в России, а импортные аналоги стоят значительно дороже. Сейчас заканчивается строительство одного из образцов. Коллектив на предприятии, а это 280 человек, опытный, у многих большой стаж работы в мелиорации или смежных отраслях. С 2019 года на предприятие пришла новая команда во главе с Сергеем Харитоновым, который до этого возглавлял дирекцию департамента природопользования Москвы. Благодаря профессионализму нового руководства предприятие стало работать гораздо эффективнее: был сделан упор на инновационные технологии и привлечение внебюджетных источников, налажено сотрудничество с крупными агрохолдингами Подмосковья.