Официально организация была зарегистрирована в 1991 году. Сегодня МКС объединяет более 330 членов — наиболее активных и успешных фермеров Подмосковья.

В своей работе МКС стремится решить несколько приоритетных задач: сбор и обобщение существующих проблем в работе фермеров и помощь в решении этих проблем, организация конструктивного сотрудничества с Министерством сельского хозяйства и продовольствия Московской области — основная часть проблем фермеров лежит в поле деятельности именно этого ведомства. Не менее важная для МКС задача — организация конструктивного сотрудничества с Ассоциацией крестьянских (фермерских) хозяйств и сельскохозяйственных кооперативов России, позволяющая защищать интересы фермеров на федеральном уровне.
Кроме того, Московский крестьянский союз активно способствует общению фермеров на уровне районных организаций в пределах Московской области, поскольку фермерам удобнее взаимодействовать, совместно решать проблемы и делиться опытом именно на местах.
В целях оказания фермерам партнерских услуг на более выгодных условиях МКС организовывает сотрудничество с рядом видных партнеров, в том числе с АО «Россельхозбанк», АО «Росагролизинг», АО «Мособлагроснаб», ООО «Агротек», АО «КРМЗ».

«Членами Московского крестьянского союза становятся трудолюбивые, ответственные, успешные и активные фермеры Подмосковья, показывающие своим примером молодым и начинающим фермерам, как надо развиваться и каких успехов возможно добиться, если планомерно и плодотворно работать на своей земле. Это наши ветераны — глава КФХ «Рождествено» Олег Юрко, глава КФХ Ольга Ивлева, глава КФХ Наталья Дербенева, глава КФХ и директор ООО «Элитный картофель» Владимир Акатьев, глава КФХ Галина Гусева и другие. Есть и более молодые фермеры, уже добившиеся серьезных успехов, — глава КФХ Николай Иванов, глава КФХ Виктор Кидяев, директор ООО «Акваферма Астапово» Александр Петров, глава КФХ Исраил Донгаев», — рассказал и.о. председателя совета МКС, глава КФХ «Свободный труд» Рамиль Булатов.